除了企業集中延遲披露年報外，不少已披露年報的企業因質量問題收到監管問詢。據中國證券報記者統計，截至5月22日，全國股轉系統發出超過43份年報問詢函。一位新三板信息服務平臺負責人告訴中國證券報記者，新三板市場的主要服務對象是中小微企業，規模普遍較小且資質良莠不齊。從問詢函的力度也可以看出股轉系統正在強化對掛牌企業年報披露的監管力度。
從目前情況看，問詢函涉及的內容主要包括企業持續經營能力、異常財務數據的核實、經營數據披露不到位、會計事務所變更、關聯交易等方面。
其中，年報的財務問題受到了重點關注。如股轉系統對朗朗教育提出的三個問題均屬于財務問題，涉及長期待攤費用、營業外支出、銷售費用。以長期待攤費用為例，2016年末，郎朗教育長期待攤費用較期初增長4328.13%。股轉系統要求，其對待攤費用的相關問題進行回復。傲基電商的財務數據亦被問詢，涉及存貨、應付賬款、關聯交易等多項財務數據。股轉系統要求公司解釋，2016年年末存貨與應付賬款余額均出現了大幅增長的原因，并要求會計師事務所說明相應的審計程序。
此外，股轉系統就企業可持續經營能力頻頻下發問詢函。如創新層企業九恒星，股轉系統要求九恒星說明，報告期內研發項目內容和資本化依據；在主營業務未發生重大變化的情況下，研發總投入超過1億元的原因。
在對奇智奇才的問詢中，全國股轉系統指出，奇智奇才營業收入較上期下降明顯，且持續虧損，經營活動現金流量凈額持續為負數。截至期末，公司存在大額向控股股東資金拆借且期末貨幣資金僅為30.64萬元。股轉系統要求奇智奇才說明，針對現金短期流動性風險擬采取的應對措施，公司當前經營性回款能力能否滿足日常經營性支出，能否按期支付員工薪酬，公司可持續經營能力是否存在風險。
值得關注的是，在多封問詢函中往往涉及多個問題，包括交易關聯方、企業持續經營能力、財務數據真實性等。如對日升昌年報審核中，全國股轉公司發現，公司2016年期末貸款余額1.75億元。其中，不良貸款由2015年的1520.5萬元增加到5828.29萬元，占比33.26%；期末貸款損失準備余額3774.26萬元，同比增加223.29%。對此，全國股轉公司要求日升昌說明，其不良貸款中是否存在向關聯方的貸款，如存在是否履行必要的內控程序；33.26%的不良率是否影響企業的持續經營能力；是否存在現金流斷裂、債務違約的風險。
